混乱的战国时代随着千手一族和宇智波一族的和解而结束。
以千手一族族长千手柱间为首建立起了团结忍者的第一个组织，木叶忍村。
其余诸国纷纷效仿各自建立起了以忍者为主的村子。
但木叶太过于强大，这也导致了其他忍村担惊受怕，生怕千手柱间和宇智波斑两个人会屠尽其他忍村。
因此诞生了各种各样的计划为了延续自己的忍村。
有的选择隐藏自己悄悄发展，有的选择扩张兵力。
但是有两个村子却决定消灭木叶，他们知道无法从外部攻略木叶，所以他们决定从内部破坏木叶。
幽暗的房间中，年仅十岁的志村团藏神色坚毅，站在他身边的则是他的父亲，而他们面前这是站着一个带着影之斗笠的男子。
“从明天开始，你们志存家就要加入木叶成为木叶的一员，志存团藏，很快你的父亲就会假死，而你将会成为志存一族的族长，记住你的任务，掐灭所有木叶幼苗！”
“是，大人，团藏一定完成任务，让木叶后继无人！”
这就是他们的计划，名为灭苗计划。
既然他们打不过千手柱间和宇智波斑，那就等他们死，但是在他们死之前也不能什么都不做，万一木叶又出现第二个千手柱间和第二个宇智波斑呢，所以便执行灭苗计划，只要发现有天赋的忍者，但凡能威胁到他们的天赋，就想办法弄死，就算无法在内部弄死，也要弄到战场上杀死，绝对不能让木叶有继承者。
跟他想法一样的还有另一伙人。
跟只存团藏相同境遇的猿飞日斩此时也在接任务，虽然任务名称不同，但他们的目的却是一样的。
至此，两个间谍带着毫不知情的族人加入了木叶。
志存家族和袁飞家族都是那种人界不起眼的小家族，他们也没有血继限界自然也不被木叶众多豪门所在意。
但是很快，随着一次任务，志存一族的族长和袁飞一族的族长战死留下了两个年仅十岁的少年担任一族之长。
十岁的族长，哪怕家族强大也会被人看不起，更何况只是两个小家族，欺凌和歧视马上就降临在这两个小家族身上，这一切都是计划的一部分。
善良的千手柱间看着两个加入木叶，其父亲还为木叶牺牲自然不希望他们落的如此下场，但是他也管不了其他家族的人，只能求助自己的弟弟千手扉间。
千手扉间并不想管这些事，但大哥有求他这个弟弟也不好拒绝，所以就打着找弟子的借口收下六个弟子，其中便有志村团藏和猿飞日斩。
一切都如计划一样。