恐龙生物研究中心设立的目的是发掘和研究恐龙化石。他们在发现了一具结冰的恐龙后，马上通知了胜利队。大古和崛井林诺来到了现场。
工作人员：“这次我们发现的是大约距今一亿三千五百万年到六千五百万年前的白垩纪时期的恐龙。可以证明和塔伯特的恐龙非常相似。还有很奇怪。”
大古、崛井：“奇怪？”
他指着一具巨大的冰冻的恐龙化石：“看，就是这个。”
大古：“这是？”崛井：“哇！好大呀！实在大得惊人。而且还结着冰。真不敢相信呢！”
“还有你更不敢相信的呢！其实这只恐龙进行过生化电子手术。”
吃惊的崛井立刻用望远镜观察起来。大古：“怎么会呢？几千万年以前，谁能够对恐龙进行这种生化电子手术呢？”
“看样子这件事情并不简单。，有必要好好调查一下。”林诺说。
这时，大古的PDI响了，传来了野瑞的声音，“TPC总部被强烈的电磁波所笼罩，出现异常现象。”在基地里，所有的系统都紊乱了，天空上乌云密布，雷声大作。
传来了那伽人的声音：“郑重警告人类，地球将归我们那伽人统治…”居间队长立刻让野瑞进行反追踪，可所有系统无法运转，无法反追踪。那伽人人继续说道：“我们那伽人是宇宙之神。不要再做任何无谓的抵抗了。要是你们胆敢违抗我们那伽人，我们一定会让你们后悔的。”
这时，在冰冻的恐龙化石旁边一个女子锯开冰层，在恐龙的生化装置上安装一个装置，那些装置正在被启动。大古和崛井已经回到夏洛克车，正准备返回基地的时候，他们发现从刚才的冷冻恐龙中发生了异常的能源反应。
在通向恐龙化石的隧道里，一个女子飞快地奔跑，她拥有像恐龙一般的敏捷动作。这时大古和崛井返回了这里。他们和那女子在隧道里遭遇了，那女子被崛井打晕了。但她在晕过去前启动了恐龙。
生化电子恐龙丸迫奈扎复活了，并开始向市区方向前进。
在基地，那伽人继续说道：“我们那伽人曾经统治过地球上的恐龙，丸迫奈扎就是最好的证明。”
居间：“这就是他们改造的生化电子恐龙。”
这时基地的系统都恢复正常了。大屏幕上传来泽井总监的图像，泽井总监表示：“对于地球侵略者，我们立场一向坚决。无论受到任何威胁，我们决不屈服。”
居间：“是，我明白了。”
泽井：“GUTS的各位，拜托你们了。”
居间：“全体GUTS队员，准备出动。”这次行动就连野瑞队员也第一次获准出动。
他们驾驶GUTS飞燕1号和2号向恐龙发动攻击。恐龙用胸口上的机关炮还击。让GUTS吃了不少苦头。新城：“难道在几千万年以前，就有这么发达的科技了？”
恐龙走到市区边缘的时候，那伽人的声音再次响起：“我决定给你们一次机会，如果你们在一小时内不投降的话。我们丸迫奈扎将再次醒来，发动连续的攻击。直到将人类全部消灭为止。”随后，恐龙停止了活动。
居间队长：“趁现在，快在恐龙四周布好自动地雷。”
新城：“用德克萨斯光束怎么样？”
居间：“等一等，为了慎重起见，先对恐龙的内部进行透视调查。”
这时，古代生物研究所方面，大古传来通讯说，他们抓到了一个具有超人活动能力的少女。
在研究所，崛井：“外表看起来就是一个普通的女孩子。真由美，给她做全身检查。”
检查后，他们发现这位少女与白垩纪时期的一种叫特异龙的恐龙，它们拥有相同的DNA。崛井：“据说在六千五百万年前，一种名为鲁母的，在地球中呈黏稠液状的岩石。喷到地球表面后引起地球上的生态环境起了很大变化，从而导致恐龙的绝迹。说不定那时候有一部分恐龙躲过了那场浩劫，活了下来。比方说，有一部分被UFO带走。在宇宙的某个地方被进化。”
同时，宗方他们正准备用超级微波分析仪透视丸迫奈扎恐龙。透视后的结果相当惊人，在丸迫奈扎胸口的地方有一个中子弹。崛井：“这么大一颗中子弹万一爆炸的话，地球上至少一半的生物将遭到毁灭。”
这时，恐龙女苏醒了过来，他劫持了真由美，说道：“你胡说。那伽人保证过，它们一定会把这个地球送给我们恐龙人的。”
大古：“恐龙人？”