亚细亚岛海港，科拿和小智一行人整装待发。 “小智，多亏了你的努力，这次深层海流的行动才没有无疾而终，我真的不知道该怎么感谢你才好。”科拿很是感激小智的付出，毕竟这次行动名义上是为了联盟，但实际上来深层海流这个地方，明眼人都知道，肯定是科拿自己获利最大。 这些天，小智也有些明白这个小团体的情况了。 一树和梨花两个人应该是早就认识，他们并非完全是科拿一系的，阿桔则是坚定的站在科拿背后，显然是科拿招揽的。 而小桩的背后站着的肯定是渡！ 一个四人的小团体里面竟然分了三个小组织，这还真是乱啊。 “科拿小姐，我们怎么下去？”小智在船上问道，“这次行动，你们似乎并没有准备潜艇？” “这个！”科拿拿出了一件黑色的潜水服，“这件衣服是联盟最新开发的，专门为了训练家在水下能够活动的特制潜水服，抗压能力极强，能够承载半深海层的水压带给人体的压迫。同时设置外挂点，能够让训练家在关键时刻随时使用自己的神奇宝贝应对。” 人手发了一套之后，小智等人开始分头换衣服。 想要探查深层海流，意味着小智等人起码要下潜到海平面以下一千米的位置，那里已经完全见不到阳光了，会遇到什么，老实说小智是一点谱没有。 换好衣服之后，六人准备出发了，不过极度贴身的潜水服穿在科拿，梨花还有小桩这三个美女的身上，在场的三个男人甚至下意识的弯起了自己的腰… 一路下潜过去，海底是一片黑漆漆的世界，很快的众人就已经来到了伸手不见五指的地方。 漆黑的海域中，间或有光怪陆离的光芒闪过，那是生活在深海当中的生物。 可能是神奇宝贝，433也可能是某些人们未知的东西。 小智不由得下意识的用手捂了捂身后的腰包。 有它在，应该是不用担心吧… 一片漆黑的环境，实际上对于小智这样的路痴更好，波导之力全开，周身十米水域的范围内可能出现的情况都被他清晰的感知。 可以说，大海的漆黑对他来说没有任何的困扰。 一行人循着海流的方向细心的寻找着三股海流的交汇处，这一片的海域很低，下潜了一千多米之后，他们看到了海底。 看样子大抵就是这里了。 一树在这时打开了潜水服外挂的手电，照向了海底。 “笨蛋！快点关掉！”小智急忙一把按在了对方的手电光芒上，随后猛力将对方向自己的一侧一拉。 一个漆黑的庞然大物擦着一树的身体滑了过去，完全没有看清那是什么！ 那是什么东西？一树给小智比划着问道。 不知道。 小智没好气的不愿意多理他，他现在只想离这个愣头青远远的。 刚才他用波导感应到了有什么东西在快速接近，本来想着己方等人并没有开灯，应该无所谓，结果一树竟然在这个时候作死！ 好在小智及时挡住了光源，这大家伙似乎听觉和嗅觉退化的很厉害，只能靠着光芒辨认，因此没有再回来。 它走远了…至少，已经不在自己十米的范围内了。 这片海域没有东西了。 小智给科拿打了个手势，科拿点了点头，众人这才释放出了光源，开始仔细的搜寻散落在海床上方，可能存在的超进化石。 “嗯？”就在这时，小智突然感觉有什么东西从他的波导当中一闪而过。 那家伙速度极快，但是却并没有攻击小智等人的意思。反而是一直在外侧迂回。 而且，它似乎有意无意的总是靠近小智的位置，好像对其他人并不感兴趣。 “神奇宝贝？竟然是我的波导从来没有感受过的神奇宝贝，那是什么？”小智发现这只神奇宝贝自己的波导似乎并没有感受过，这一点很奇怪啊。 要知道，整个关东地区的神奇宝贝，基本的波导小智都很了解。 然而这一只却陌生的很，完全不知道是什么。 不是关东的神奇宝贝？小智不解。 无奈，小智只能继续完成自己的勘探大业。 就在这时，在一簇漆黑的珊瑚当中，小智发现了一抹闪亮。 那是一只睡在珊瑚丛当中的海刺龙，安静的靠在珊瑚的缝隙之中，它锋利的刺鳍伸展出去，简直和珊瑚的棱角一模一样。 这只海刺龙长得比一般的要大上一些，鳞片因为水压的关系甚至已经带上了金属的光泽，看上去极具防御力。 而小智的注意力完全击中在了海刺龙的上方，珊瑚丛的最中心位置，那里，有一颗散发着柔和蓝光的石头！ 那个是…超进化石！ 然而就在这个时候，可能是因为小智的手电光芒穿透性实在太强，海刺龙竟然醒了！ 它看到小智靠近，不由分说就是一道泡沫光线！ “乘龙！”小智的乘龙从脖子上的挂饰上闪身而出，迎着海刺龙发射了一道急冻光线，打碎了泡沫。 “呜~”乘龙一出现，带起的威势激起了海刺龙淡淡的不安，它有些本能的想要离开，但是又不舍得珊瑚丛里面的那块石头，最后，它的眼神凶恶了起来！
海刺龙尾巴一甩，竟然在海底制造出了一个巨大的漩涡，龙卷风！ “乘龙，急冻光线！”小智则是利用波导和乘龙沟通，粗大的急冻光线直接冻结了龙卷风带起的海水，将海刺龙的进攻化于无形。 “这只海刺龙不错啊，乘龙，使用唱歌！”小智让乘龙使用了唱歌，海刺龙慢慢睡着了。 小智扔出一个宝贝球，将沉睡的海刺龙收服之后，来到珊瑚丛旁边，小心翼翼的拿出了那块石头。 不过这并非是新的超进化石，是暴鲤龙的石头。 要问小智为什么知道的话，小智有一块一模一样的，而且比这个还要大上一圈。 也许，海刺龙只(ajef)是因为属性相同，对它会产生一点点有益的影响，才会选择留在这里的吧，它并不知道这颗石头实际上对它毫无用处。 不过，小智拿到却也聊胜于无，就算自己用不上，还可以送给小霞呢。 而且，能够收服到这只很不错的海刺龙也算是不虚此行了。 小智的哈克龙再有一阵子就要进化了，它蜕下来的皮有一些会化成龙鳞，小智存了不少呢。 这下子就好了，等到小霞的墨海马也进化之后，就可以通过通讯交换，进化出两只刺龙王了。 继续搜索下去，小智却没有什么收获了，不过在探索的过程中，他也发现了一点深层海流的奥秘。 比说说有的地方海水冰寒刺骨，就算是穿着潜水服都能够感受到寒意，这想必就是急冻鸟的力量影响，而有些地方却感觉浑身暖洋洋的，还有些水域踏入之后，感觉会有一丝麻酥酥的感觉。 然而就在这时，小智突然发觉身后的海水剧烈的抖动了起来。 回身看去，原本漆黑一片的海中已经光芒遍布。 是一树！这家伙竟然指挥着呆河马，和一只宝石海星打起来了！ 宝石海星的确很难遇到，一树这家伙估计是看上了想要收服吧。 小智并不想插手一树的战斗，所以并没有让乘龙出手。 然而，小智却凭借着一树和宝石海星战斗迸发出的光芒看到了海底某处一闪一闪的一个东西！ 那东西似乎只有光照射到上面才会反射光芒，其余的时候就和一般的石头一样是一片黑暗。 小智见状，悄悄的开始向那里移动。 这时候，一树的一道精神干扰再次帮了小智大忙，他清楚的看到了这个闪光的东西！ 入手微微发烫，小智知道，这应该是和火系相关的东西，急忙收了起来。 这个过程小智确信没有人看到，所有人的目光都集中在了一树的战斗身上。 一路游泳回去，小智竟然又捡到一枚超进化石！ 不过，这颗超进化石是水箭龟的，小智已经有了。 拿它和联盟做些交换倒是不错。 那边的战斗结束了，一树成功收服了宝石海星，正洋洋自得。 突然，小智将乘龙，暴鲤龙和水箭龟全都派了出来，让在场的众人一阵错愕！ 小智表情凝重的指了指某个黑漆漆的方向，众人抬眼看去，却发现一双又一双通红的眸子出现在了水中。 玛瑙水母，金鱼王，还有很多其他的水系神奇宝贝，虽然大都不是进化型，可是它们却全都双目通红，表情狰狞！ 这是…小智一下子就看出了端倪，这是火箭队的愤怒装置！ 也就是说，火箭队鼓动了一大群试验品来攻击自己！ “乘龙，急冻光线！暴鲤龙，水箭龟，使用水炮！”小智急忙让三只神奇宝贝发动了进攻。 顿时，密密麻麻的包围圈出现了一个真空区。 科拿等人这时候也反应过来，纷纷派出了自己的搭档进行对战。 科拿使用了铁甲贝和白海狮，一攻一守的两只神奇宝贝大发神威，几乎是每次攻击都能够造成对方的一只失去战斗能力。 一树派出了呆河马，梨花则是一只大力鳄，而阿桔则是使用了能够在水中短暂时间战斗的阿柏怪。 小桩也动用了自己的哈克龙。 然而，虽然己方这一群人实力强大，但是毕竟蚁多咬死象，而且这些因为力量大增而狂暴的神奇宝贝并非弱鸡，每一只神奇宝贝的实力都足够成为精英训练家的主力，成批的对付起来绝对非常困难。 小智等人的防守圈被打击的寸寸缩减，眼看就要只撑不住了。 关键时刻，小智猛地在自己后腰的包上一拍，顿时一股无形的能量发散了出去。 那是一种特殊的声音，人类听不到，但是神奇宝贝一定能够听到。 轰！ 深层海流当中突然挂起了一阵巨大的漩涡，将这群神奇宝贝卷的七零八落，小智等人也趁此机会逃离了海底。 “谢谢，洛奇亚。”最后时刻，小智用波导将这句话送往了海底神秘的某处… 于此同时，海中一条形似鲨鱼的生物在盘旋了一阵之后，也向不知名的方向游去。.