当然，也有很多人表示，虽然剧场版好看，但是对结局不太理解，尤其是晓美焰如何能够“恶魔化”这一点，觉得这有些匪夷所思，这个问题在不论是在网络中，还是现实中，都影响很大。
而最后，有一位专注魔法少女小圆的超级粉丝给出了自己的答案。
【其实叛逆的结局可以通过本篇的结局得出非常符合原本世界设定的解释，原因有三点：
1.首先需要理解小圆中对于成神/魔的条件的设定其实设定非常简单，圆神的成神是因为圆神实现了一个违背因果的愿望，这个愿望成为了宇宙的一个新概念，成为塑造宇宙因果的一个出发点。这其实就是神的力量。
2.其次需要理解本篇结尾圆神新世界的规则用圆神原话：“我要让所有魔女在诞生前消灭，包括所有宇宙，过去与未来的魔女，都由我亲手消灭！”“至今与魔女战斗的大家，相信着希望的魔法少女，我不想让她们哭泣，希望她们到最后都能保持笑容。妨碍这个愿望的规则，我会破坏它，改变它。这就是我的祈祷，我的愿望！”
所以规则就是圆神来亲手消灭一切魔女，但请特别注意后面的那一段补充说明。虽然这段说明不属于规则本身（因为在说完前段时圆神的SG已经发光），但是这段文字明确阐述了圆神决定通过何种方式来“消灭”魔女。消灭的手段有很多种，灭杀是最直接的手段，但是圆神希望的是“她们到最后都能保持笑容”，所以圆神采用的手段是净化即将变身魔女的魔法少女内心的绝望，并由自己来背负。对于这个设定最直接的证据在于新世界的蓝毛被圆神接走时的片段，圆神给蓝毛看了蓝毛的牺牲所带来的上条恭介可以自由拉琴的未来，蓝毛回忆起自己最初的希望而释怀，绝望得到净化然后被圆神接走。所以圆神是通过将魔法少女们最初的许愿对世界造成的美好因果展示给她们，净化掉少女们的绝望来消灭魔女（同时消灭少女自身，为了维持世界的平衡）。
3.最后需要理解焰在新世界的特殊性，焰在圆神创造的新世界中是一个独一无二不应该存在的存在。正如焰在叛逆中一直提到的，新世界中有小圆记忆的人是不合常理的存在，因为小圆是“即不存在于过去的记忆，也不出现在未来可能性中的少女”（QB语）。而焰存在，却也没有忘记小圆，这正是在本篇最后圆神提到的让焰去相信的“真正的奇迹”（以及订婚信物红丝带的功劳，请务必划掉这里……）。于是新世界的焰还是魔法少女，并且没有忘掉小圆，没有忘掉自己成为魔法少女的最初的祈愿。
所以，圆神来接焰，还是正常的来实现焰的愿望以图净化绝望，结果焰的愿望—保护人格的圆—根本不是在这个世界所能实现的，因为小圆已经脱离了这个世界的因果，不可能存在。
此时的焰其实还是有选择，放弃自己的愿望跟圆神走是完全可以的，但是叛逆前面的所有剧情正是铺垫了此时焰的“我不会再放开你的手”的心情，就让我借用你的神力来实现这个反叛世界的愿望。于是圆的人格和神格被分离，作为人的圆又重新回到这个世界。
总结一下，圆在本篇中由于焰的不断轮回获得了超越因果的力量，而焰在叛逆中借助圆的神力也实现了自己超越因果的愿望，多么对仗工整的结局。整体来说，本篇中讲述的是圆的成长，而叛逆则是以焰为主角讲述了焰的成长。】
这个帖子获得了很多人的点赞，也有一些网友也给出了补充解释。
【如果说圆神的愿望对于因果律的背叛可以算作是有因无果——少女们许下违反常理的希望却不会终结于无限绝望；那么焰的愿望则是无因之果——一个不可能存在于这个世界的少女得以在这个世界生存并被焰保护。
虽然两人都是修改宇宙带来全新的概念，但焰的形态和圆神还是有所不同。
圆神带来的新概念是一个有清晰明确表达的规则，所有的一切都遵守这一规则，以至于圆神自身都因此无法存在在于世界。
而焰带来的概念——由自己来保护“圆”这个存在，却是相当模糊，因为焰此时的修改世界的权力实在太大，为了“保护圆”这个出发点可以颠覆一切规则。后来的剧情也确实的反映了这一点，小圆原本的人生经历遭到了改动，身边也不再有魔法少女的存在来影响她正常的生活，QB一族在宇宙的位置也被彻底更改等等。
不过，模糊的概念虽然强大，但也由于其模糊性使得这个概念在焰的宇宙中并不稳定。这也是导致在片尾部分人格的圆差点与神格的圆重新回到一起的一个原因。所以把焰定义成和圆一样的神还是有点不妥，魔焰这个帅气的名字其实还是很适合她的。】
剧场版能够讨论的东西实在是太多，就比如还有人，从哲学层面宇宙论与本体论入手解释关于小圆世界的各种规则……
不管怎么说，有话题就有新鲜度，更不用说是魔法少女小圆这种，仿佛有着说不完的话题的动画了，伴随着这种消散不去的话题性，小圆所创造的经济价值，也是越来越高，甚至最后被列入了霓虹经济学教课书的经典案例，让小圆这部动画，真正成为了传世经典动画，而其创作者游戏鬼神，也被很多人评为，动漫之神！
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