三人继续着旅行，而路上小智收到了大木博士的电文，给博士打了一个电话，问了自己的宝可梦的一些问题，而博士也因小智收服到迷你龙、哈克龙和多边兽Ⅱ而对小智说了好多的废话，如果小智再传回化石翼龙，博士估计又得一阵唠叨，这段时间小智也已经帮化石翼龙训练恢复了多年前的状态，不过最后最主要的是大木博士给小智升级了几乎没用过的图鉴，几天后的路上，波克比也在小霞的期待中诞生了。
“啊，好可爱，波克比你好啊。”“叫尅布哩~。”波克比高兴的叫道，就这样小霞收服了波克比，而在小霞当初得到宝可梦蛋的时候，就已经把宝石海星传回去了，毕竟如果是自己的宝可梦蛋，它也是需要占yǒu六个格子中的一个的。
波克比诞生后，皮卡丘也荣升为了保姆皮，基本上为波克比操碎了心。
而这天，小智、小霞和小刚三人继续向着红莲道馆前进，而路上碰到了一位背着登山包的大叔要求进行宝可梦的对决，小智当然是来者不拒。
“上吧，独角犀牛。”大叔派出的宝可梦是独角犀牛。
“妙蛙种子，就决定是你了。”而小智这边则是派出妙蛙种子来应战。
“独角犀牛，使用猛撞攻击。”大叔率先下令，然后独角犀牛就向着这边冲了过来。
“pika~。”“叫尅~。”“啊——，大地在震动，好像发生地震了。”就在独角犀牛冲过来的时候，大地也跟着开始震动，小刚抱在一颗树上颤抖的说道，“独角犀牛的猛撞是很厉害的，要小心啊，小智。”小刚最后还不忘嘱咐小智要小心。
小霞也扶着一棵树，“这只独角犀牛的等级好高啊。”
“妙蛙种子，藤鞭跳跃，借力打力，使用飞叶快刀。”看着独角犀牛向妙蛙种子撞了过去，小智对妙蛙种子下令，然后就看见妙蛙种子用藤鞭跳跃躲开了独角犀牛的攻击，随后在空中使用了飞叶快刀，独角犀牛由于惯性还在继续朝前奔跑，飞叶快刀命中了，使独角犀牛更加向前冲去，并且撞到了地上，伤害很严重。
“独角犀牛，振作啊。”大叔没想到会是这种情况。
“好，妙蛙种子，藤鞭。”妙蛙种子用力的使用了藤鞭，抽打在了还倒在地上的独角犀牛的身上，草系对地面系和岩石系效果绝佳，独角犀牛中了两招四倍克的招式后失去了战斗能力。
“妙蛙种子干的好。”小智赢得了胜利后也不忘对妙蛙种子夸赞一番。
“哒呐~。”可是就在这时，妙蛙种子痛苦的ShYi着，“妙蛙种子，你没事吧，我马上送你去宝可梦中心。”小智看到妙蛙种子背上的种子开始发光，但很痛苦，虽然知道应该是妙蛙种子要进化了，可是在这儿已经开始由于自己这只小蝴蝶的作用使得情况发生了很多的变化，小智也不敢冒险，所以说完就抱着妙蛙种子向宝可梦中心冲去。
“小智，等等我们。”“pika~。”而小霞、小刚和皮卡丘也立刻赶了上来。
终于在傍晚，小智等人赶到了宝可梦中心，并且把它交给了乔伊小姐检查。
“你的妙蛙种子没事，只是开始出现进化的征兆罢了。”在认真检查后，乔伊小姐对着焦急的等待着的小智说道。
“它没事就好。”小智怕他现在的妙蛙种子也不想进化，所以没有很兴奋，小智很顾忌自己的宝可梦们的心情，他们是自己的伙伴，小智尊重它们的决定，虽然小智有时候会为宝可梦们提出建议，但是最后如果宝可梦不乐意，小智也不会去强求的。
“妙蛙种子进化之后会进化成妙蛙草，你们看。”乔伊小姐把小智等人带到窗户边，指着窗外说。
“啊~，跟刚才一样。”小霞看着外面很惊讶。
“刚才是指……。”而小刚则是有点不解。
“刚才妙蛙种子被送进来的时候，花瓶里的花就突然开花啦。”继续看着外面草丛慢慢的开着不知名的小花，小霞有点陶醉。
“花朵发出亮光了。”小智看着发出亮光的花朵高兴的说道，“pikaqiu~。”“叫尅布哩~。”皮卡丘和波克比也高兴的叫着。
然后就听乔伊小姐说了妙蛙种子的传说，原来是到了某个时期，妙蛙种子就会从各处涌来，聚集在一块，举办进化的庆典。
“看来我们是迎接了重要的时刻了。”小刚听到后发出感慨。
“进化是在哪里发生的？”小霞这时突然问道，看来很是想知道进化的场地，毕竟这是一大奇迹啊。
“在被称为不思议花园的地方哦。”乔伊小姐笑着解释说。
“不思议花园。”小刚重复道，也是对这个地方很感兴趣。
“可是到目前为止从来都没有人见过那个地方，所以甚至被认为是幻影呢。”乔伊小姐继续解释说。
“我相信不思议花园一定在某个地方。”小智则是肯定的说道。