如果你以为这只是朱由菘的超常发挥，那就错了。
“昏君”弘光竟然很有些才干，虽然朱由菘当了皇帝了。但是朱由菘基本上就是光杆司令，武将在外，基本上不会听他的指挥。人家拥立你已经很给你面子了。
文官马士英和东林党等人又是面和心不和。不过朱由菘还是做了他该做的事情。
根据历史经验，之前反对立朱由菘的史可法等要等着被新天子“做掉”了。然而弘光有没有下黑手呢？五月初五，弘光组阁：史可法、高弘图、马士英。可见小朱没有记恨。另外，只有马士英名字后拖了一条尾巴：仍督凤阳等处军务。什么意思？
这句话是东林党吵出来的成就，要马士英滚！滚出朝堂！也是弘光批准的。可见小朱由菘是想摆脱马士英的钳制。当时马士英是乱世大军阀，南京基本没人控制的了他。弘光基本就是个傀儡，谁都不听他的，但都想利用他控制自己的对手。
弘光无奈，只好搞“民主”开会。开会议论的结果，“马相公弘才大智，堪任督师，史相公安静守一，堪任居守。”如果真是这样，朝政交给史可法，军务交给马士英，是不是十分理想呢？不敢说保住半壁江山，也许会比后来的情况好些。但马士英怎么肯到前线去？他要留在自己能控制的南京城，挟天子以令诸侯呢！可怜的弘光，有心救国，无权经营啊！
于是他只好做了他力所能及的事情：拜死人。他去拜明孝陵、拜朱标，朱允的老爸。因为建文皇帝墓不在，拜他爹自然等于拜建文了。这一来可好了，自朱棣靖难起，可曾有他的子孙祭拜建文那一支的？朱由菘拜了，什么深意呢？
第一，以前的皇位争夺老账，我做皇帝的都不在乎了，你们这些君子也不要吵现在的皇位之争。什么潞王、桂王，都可以在你们心中消失了。我也不在乎以前你们立了谁。乖乖为我朱由菘的半壁江山卖命吧！
第二，当年建文皇帝在南京整个中央对付北方的叛乱，居然被人端了南京老巢！今天的南京人力物力比当时如何？你们还要吵，当心做第二个齐泰、第二个方孝孺！还不老老实实办正事！
七月初三，追懿文太子、建文帝、景泰帝谥号。哼哼，又把景泰帝搬出来了。想当年北京保卫战，形势和今天南京差不多。我朱由菘可有于谦那样的人才力挽狂澜？这也是给臣子们敲警钟。
综合来看，在他有限的权力范围内，做的几件事都可以得到这样的评价：一个字，妙；两个字，很妙；三个字，非常妙！你可以说他不能力挽狂澜于既倒，但至少不是个昏君吧？
虽然朱由菘很是用心良苦，但是对这帮官场老油条，他们是没有办法的：南京的地盘本来就是我们的，想怎么干就怎么干。
尽管如此，朱由菘的用心，还是让各方势力稍微和谐了一段时间。
皇帝定下来了，这是解决了一个问题，而且大家还把本来很简单的问题搞得很复杂。
接下来面临的问题，很复杂，南明小朝廷。。。。想的很简单。
首要的问题是，南明小朝廷的方向问题。
现在关内呈现了各方割据的局面：
其一，满清政府把李自成赶走了，现在占据了北京。
其二，李自成败退，但是在山西、陕西等地还有根据地和几十万的杂牌军。
其三，张献忠占领了四川。
最好的办法是把他们都灭了，但是对于南明小朝廷来讲，两面作战是不现实的，当年崇祯有关宁铁骑，一大票大将，打到最后都自杀，更何况现在南明小朝廷的半壁江山。
南明政府对于吴三桂投降清军，已经被封为平西王的消息也不是太了解（所以说打仗打的就是信息啊），还以为吴三桂借兵平寇呢。加上满清人在北京为了收买人心，团结一切可以团结的力量，打着为崇祯复仇的旗号，搞得南明政府以为东北人都是“活雷锋”。
因此马士英、史可法和东林党人几乎是唯一一次就重大问题达成了一致的意见：联虏平寇。
搞笑的是，史可法还写信给吴三桂，对吴三桂的眼光大加赞赏。称之为“功在社稷”的“义举”。
为了表示对满清的诚意和感谢，南明小朝廷还派出了使团，并带着加封吴三桂的敕谕，“封关门总兵平西伯吴三桂为蓟国公，给诰券、禄米，发银五万两、漕米十万石”，和大清进行谈判。
既然是谈判，总要有筹码，很诡异的是，南明完全没有筹码，南明小朝廷希望割地求和，问题是南明的山东北京都不在自己手上了，割的哪门子地，把清政府占领的京师割给清政府？除非多尔衮脑子秀逗了。
唯一的收获是，谈判谈出了个明末文天祥左懋第。