军屯的存在是建立在对军籍户口残酷的剥削基础之上的，当全国的统治稳定下来后，军籍就开始逃亡，明英宗时期，逃亡的军人达到了万，占据当时军队的一半左右。军户的逃亡，必然导致大量的屯田荒废。弘治年间，兵部尚书马文升说：“十去其五六，屯田有名无实”。许多地方的官僚就乘机吞并军屯土地。于是，军屯的收入就逐渐减少了。
没有了军户，国家就需要大量招募军队，形成了募兵制。募兵制需要更多的军费支出，例如明朝中期为了防止朦国南下，每年花在北方边防的军费就达到了万两。
第二就是银矿收入的减少。仁宣时期，银矿的开采数量也十分可观，从宣德元年到宣德九年就有了万两。明英宗时期开始，银场罢设无常，银两的收入也不稳定，如4年至年共收入金银万两，其数量远远低于永乐年间和仁宣年间。
在国家财政收入减少的同时，全国财政支出就不断扩大了。明朝的财政支出主要用于官员的俸禄、宗室的赡养、军费开支、朝贡“回赐”、大工程建设等。在官员方面，明初的武官就有多人，成化五年，武官已经达到了万人。作为对比，宋朝已经是官僚冗杂的代表了，但是官员总数也不过.4万人。除了官员，还有大量的宗室需要养。嘉靖年，载入统计的宗室人口在左右，到了万历三十三年，宗室人口已繁殖到了人。万历初年，全国财政支出约是4万两，其中用于
宗藩禄粮的就有万两左右，占比.%。
应对财政危机，古今中外都只有两个方法，一是节流，二是开源。仁宣年间，号称是明朝的盛世，其主要采用的方法是节流。永乐帝时期的许多用钱的事业最终在仁宣年间停止了，如停止了下西洋活动、减少和周边国家的朝贡贸易次数和规模、放弃奴儿干都司和交趾布政司等。但是，节流只能暂时解决问题，不能从根本上解决问题。
到了隆庆年间，明朝的财政危机已经十分严重，这时候，开始进行开源。年，明朝为了增加税收，同意在福建月港开放民间贸易，允许商人出海。隆庆开关之后，全球有三分之一的白银流入了中国，其中有一部分进入了国家财政系统。同时，隆庆开关有利于东南沿海商业的兴起，也增加了国家的商税。不过，由于隆庆开关仅仅是一口通商，所以对商业的影响也十分有限。
张居正时期，明朝的财政危机得到了缓解。张居正同时从开源、节流两方面下手。开源方面，张居正下令重新丈量土地，严格按照土地规模征收赋税，同时推行了“一条鞭法”。到了万历九年，全国的土地丈量完成，得出全国的土地面积为万顷，比弘治年间多了万顷。节流方面，就是严厉打击贪官污吏，减少浪费等。张居正改革后，国库的银两达到了到万两，储备粮食达到了万石。但是张居正的开源主要是从农业方面着手，也就是加强对地主和农民的剥削，因此算是“竭泽而渔”，不能长久。
明朝后期，针对财政危机日益严重，朝廷采取的政策也主要是加大赋税额度。明朝正常的赋税收入应该在万两左右，通过加征赋税可以达到4万两。明朝末年加征的赋税有““辽饷”、“剿饷”、“加饷”、“助饷”、“练饷”、“新饷”、等，名目十分繁多。但是，这依旧无法解决财政危机。
在明末，崇祯皇帝让大臣们捐出银两，但是几乎没人愿意。李自成攻陷了京城后，用酷刑逼迫官员交出银子，结果半月就得到了万两白银，相当于明朝五年的财政收入。而崇祯的宫殿也藏有“私房钱”（内帑）万两黄金，万两白银。可见，明朝的苛捐杂税的收入，大多数都流入了官员和皇室的手中，流入国库的就很少了。
明朝的财政危机证明了传统的经济政策已经走向了陌路。有意思的是，同时期的西方国家也面临严重的财政危机，但是他们却采用了不同的办法。如西班牙和葡萄牙选择开辟新航路，进行了殖民扩张，垄断香料贸易的方法来增加财政收入；英国和法国都选择“重商主义”，支持手工业的发展，支持海外扩张，其中路易十四时代的财政改革是一个经典的例子。而明朝始终没有放开对商业的限制，导致工商业发展受到阻碍，也导致国家财政危机无法从根本上解决。
朱常洛知道现在所面临的三大危机，当今天下纷乱，正是多事之秋。当务之急有三：外有荷兰建立的商业帝国和英国的工业革命及西欧的对外殖民，内有女真、朦国的侵扰，此其一。其二是兵备松弛、京营占役、边关关禁不严。屯兵制占用编制战斗力极其低下严重制约大明军队的发展。
其三，洪武时期开始执行的输粮开中改成了纳银开中。原来是商人把粮食送到边镇，然后到户领取相应的盐引，再到盐场领盐贩卖，现在是商人把银子交到户部，再从户部领盐引。但是不论是纳粮开中还是纳银开中，其本质都在于盐政，盐引则是其中的关键。食盐是国家垄断商品，明朝实施开中法后，许多权贵看到有利可图，便开始想方设法奏讨盐引，倒卖给商人，换取利益，或公然走私，在正盐中夹带私盐，牟取暴利。随着官僚腐败，官商勾结不断加剧。土地兼并和投献，皇亲国戚和士绅不纳粮，限制商人的衣服（朱元璋规定商人只能穿棉麻不能穿丝绸），现在大商人都是暴利税收还低，国家主要收入全部压在农民，国家的财政收入%以上是农业税。
明朝无论是铁，造船，建筑等重工业，还是丝绸，纺织，瓷器，印刷等轻工业，在世界都是遥遥领先，工业产量占全世界的/以上，比农业产量在全世界的比例还要高得多。明朝民间的工业不断壮大，而官营工业却不断委琐。
晚明时中国民间私营经济力量远比同期西方强大，当英国商人手工场业主拥有几万英镑已算巨富时，明朝民间商人和资本家动用几百万两的银子进行贸易和生产已经是很寻常，郑芝龙海上贸易集团的经济实力达到每年收入数千万两白银，当时荷兰的东印度公司根本无法与之相抗衡。
明代的工商业发展建立在农业经济恢复的基础上，继承了传统农耕社会商业经济的特点，又呈现出新的时代特征，如经济结构调整、组织方式变化以及与世界经济更加紧密结合在一起。正是建立在明代农业、手工业和商业充分发展的基础上，白银化浪潮得以涌现，而明代工商业发展中出现的新经济因素和国际化程度大幅度提高，也因此把中国古代工商业发展的水平和质量提升到一个新的高度。