就在大顺军和清军死磕的时候，南明小朝廷也没闲着。
南明小朝廷本来面临的机会简直是千载难逢，清军主力都去了陕西，黄河一线只有豪格的少量军队在防守。按理说应该攻其不备。
事实上，并不是所有的人都是脓包，山东总督（名义上）王永吉、江西总督袁继贤纷纷要求挥师北上。袁继贤切中要害：清军没有南下是因为顾虑李自成，如果李自成歇菜了，我们也得玩完。
但是马士英、史可法断然否决了，联虏平寇乃是既定国策。人家不南下已经阿弥陀佛了，还自动跑过去挨揍？
于是这个事情就这么不了了之。
既然不是打仗，那么南明小朝廷在忙什么呢？
一开始的时候是东林党和马士英打嘴仗，东林党定策失败归失败，骂人乃是我大明自古以来的传统，你欺负我了还不让我说不是？
东林党这群人，国家有事的时候，他们是出不了什么主意的，比如崇祯面对困境多次征询实际的意见，没人响应。国家没事时候，他们一定要整出点事情，最少也得过过嘴瘾。
他们的特点，就是光动嘴不动手，而且只对人不对事。
他们当官以来也是没有什么实际业绩，官照当，钱照拿，妞照泡。南京秦淮河的青楼文化搞得比任何地方都好。还整出了什么秦淮八艳。他们唯一有点不同的是以讲学结社，放言高论，犯颜敢谏，“直声名震天下”，然后就自封为治世之良臣，似乎只要他们在位，即可立见太平。
也难怪他们要骂马士英，在皇帝选举上被马士英摆了一刀，心里不服气着呢，马士英算是哪根葱，竟然敢背着他们干起来阳奉阴违的事情，最后成了定策的最大功臣，一下子平步青云骑到自己头上？既然不服气，那就骂人出出气。
马士英，本来就是个地方官，这一下子就成了内阁首辅。应该说马士英还是想做点事情的，至少在对东林党人的这个事情上，他还是比较厚道的。他本人还有点亲东林党。
他上任之后，倒是积极联络各方面人士，特别是东林复社的头面人物，希望能造成众望所归、和衷共济的局面。
至于提拔曾经依附于魏忠贤的阮大铖，完全是因为当年阮大铖对他有恩。阮大铖何许人也，原来是东林党的人，后来魏忠贤势力实在太大，为了自保，他就加入了阉党。要说他穷凶极恶陷害了什么人，倒也没有的，顶多是意志不太坚定，站错了队伍。马士英对于阮大铖安排适当官职，任才器使，对弘光政权并不会造成多少损害。
但是这个东林党就抓住这一点，大闹朝堂，说马士英要为魏忠贤的“逆案”翻案。
天知道，现在马士英忙得很，李自成、满清哪个都不是好惹的主，为了和自己八竿子打不着的魏忠贤翻哪门子案？
东林党骂的爽了，马士英全当苍蝇在叫，听惯了，也就无所谓了。
于是就在大家其乐融融的时候，出事了！而且一出就出了三件。
第一件，大悲案。大悲是个人，从名字上看，也能听出来这是个和尚。和尚跑到南京来，本来也不奇怪，奇怪的是，这个和尚说语出惊人，说是崇祯帝早就预料到了日后的危局，于1641年就令他南下避祸，后来又说崇祯并未殉国身死（言下之意弘光是伪政权）。大悲和尚还扬言，讨伐弘光帝的大军不日即到，当下他就统率了一支伏兵，秘密分散潜藏在城外江畔的船里，不用再过多久，就会剿灭弘光“伪政权”。说的煞有其事。
听到如此轰动的消息，着实吓了南明小朝廷一跳。
负责南京城防的官员虽然不知事情的真假，但也不敢怠慢，于是赶紧行动了起来，连夜把城外江畔的数千艘大小船只驱赶到观音门集中，勋臣刘孔昭把这个大悲和尚抓了起来，交给刑部发落。
弘光皇帝不敢怠慢，派人审讯他的来历，大悲起初信口开河说崇祯时封他为齐王，他没有接受，又改封吴王。接下来他又推翻了之前自己发布的崇祯并未殉国身死的说法，声称“今潞王贤明，应为天子，欲弘光让位”。说的前后矛盾。
弘光皇帝脾气再好，这下子也发飙了，都什么时候了，唯恐天下不乱。派人给他大刑伺候，招架不住的大悲很快招供，他本姓朱，安徽休宁人，十五岁就在苏州的寺院出家为僧，他招摇撞骗的目的，无非是想趁乱蒙蔽他人罢了。
事情到此告一段落。判处死刑，结案。
阮大铖不这样认为，好家伙，吃了豹子胆，敢冒充王爷，还敢来给潞王翻案。于是进一步挖掘，果然有幕后同党，钱益谦和申绍芳。申绍芳只是个打酱油的，关键是钱益谦。这个人原来可是东林党领袖，后来看风向不对，赶紧投诚。
钱益谦一看，吓了一大跳。赶紧申辩。阮大铖则进一步挖掘，断定大悲背后有一个庞大的“反动组织”，于是阮大铖开了一份黑名单，共有一百四十三人，牵涉有东林党首领钱谦益、史可法、高弘图等等一大批东林党或者与东林党关系比较好的人。
这下子玩的有点大，连马士英都看不下去了，要把这帮人都抓起来，估计南明都不用满清过来，自己就先翻了，于是马士英把这份名单给恩了下去。这样，大悲经过会审后，被公开处斩而了结。
第二件，太子案。事情的经过是这样子的：鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位少年，结伴而行。晚上就寝时发现少年内衣织有龙纹。
好家伙，那个年头，身上秀龙的可不是一般人啊。赶紧问其身份，这个人自称是皇太子！
这还了得，要真是皇太子，那么这可就是件不得了的事情。
穆虎到南京之后，赶紧把这个事情告诉了高梦箕。
高梦琪也没有见过太子，只能把太子送到苏州和杭州隐蔽。
哪晓得这哥们做事情太高调，经常出去招摇，引起人们的注意，背后窃窃私语。
要这样下去还得了，肯定过不了多长时间又传到了弘光皇帝那里。
高梦箕再不上报就属于故意隐瞒了，于是他赶紧报告了朝廷。