施琅投降后，清朝封他为同安总兵，给他的任务是率军入粤，以郑芝龙的名义进行招抚工作。
施琅干的很“出色”，他参加了镇压广东义军的战斗，不惜与自己昔日的袍泽作战，甘心的当了一个清朝的马仔。
在讨伐义军的同时，他的招抚工作也很出色，不仅招抚了很多部队，还注意提拔有能力的将才，其中最著名的就是刘国轩。
可惜好景不长，李成栋在广东易帜，施琅不想跟着李成栋混，就从李成栋那里跑了出来。结果被李成栋和郝尚久追杀，清军对于施琅这种不太起眼的小角色自然难免看不上，也就没有派兵援助。
施琅对于清朝的行为很不满意，后果很严重。而郑成功知道施琅是一员虎中之虎的猛将，亲率大军赶来接应，郑成功还带上了施琅的家人。在家人的劝说下，怀着对前任老板的感恩之心，对现任老板的愤怒之情，经过不太激烈的思想斗争，施琅毅然决定反正，重新加盟郑氏集团。
加盟之后，施琅的业绩相当不错，先是率军剿灭了福建地头上很多不服管的土豪，并成功收编当地起义军上万人；其次整顿兵马，训练水军，郑军的战舰，阵型，战术皆出自施琅之手。
由于自己出色的表现，郑成功视他为心腹，施琅也一心一意的为郑成功效力，双方在经历愉快的蜜月期。
对于郑成功的这种海盗行为，有点战略眼光的施琅是不太认可的。刚来投靠郑成功的时候，施琅也不能说太多。
不过时间长了，施琅以为，自己和郑成功也算是好哥们，好兄弟了。加上郑成功的行为确实还是蛮无耻的。
所以施琅决定，“斗胆”提出了自己的意见。
当然施琅也不敢直接说，老大，你这样子是不对的，施琅表示，率领主力出去，万一清军把打了我们的根据地厦门，那怎么办？
对于施琅的反对意见，郑成功自然是很不高兴的，大军准备出发，你说你这个乌鸦嘴，怎么就不知道说点好的。既然你不想干活，行，免职、放假。
就因为提了一点小意见，施琅就被郑成功给免职了，施琅心里非常不爽。
也该郑成功流年不利，事情竟然被施琅说中了！郑成功真是悔的肠子都青了。
在郑成功出去潮州征粮的时候，清军接到探子回报，厦门兵力空虚。清军在马得功的带领下，直扑厦门而来。
要知道，郑成功出去征粮，基本上把能打的都带出去了。所以厦门守将郑芝莞就是个菜鸟。一看清军过来，吓得落荒而逃。厦门很快被清军给被攻了下来，要知道。郑成功虽然没粮食，但是搞国际贸易，着实很有钱。马得功发现这个土财主这么有钱，自然不会客气，郑成功辛辛苦苦几十年，一夜回到解放前。
厦门被占领之后，郑成功的其他部将奋力反击，而施琅也率领60多家丁部将血战清军，终于夺回厦门。
郑成功气的吐血，火速回师厦门，清军是退了，财产也没了。
郑老大很生气，不过生气归生气，对于在厦门奋力反抗的将领，郑成功还是进行了奖励，施琅很得意，按理说，自己做了个事前诸葛亮，又努力杀敌，轮功劳，那简直堪称第一，甚至应该被提拔重用。
结果是，施琅倒也受到了奖励200两银子。遇上刚愎自用的郑成功。想官复原职甚至升官？做梦去吧。
早期的施琅，实在是个愣头青。康熙评价为“粗鲁武夫，未尝学问，度量偏浅，恃功骄纵”。真是一阵见血。
意见正确也要受罚？施琅心里很不服气，不服气归不服气，谁叫自己不是老大，只能忍了。
施琅能忍，有些人却不能忍。施琅失势，要知道这个世界上从来就不缺乏势利眼。他的一个部将曾德就是这样的人。
曾德看到施琅没前途了，就准备疏通关系从施琅这边跑到郑成功那边，不过曾德的保密措施显然做得太差，这个事情不幸被施琅知道了。
本来这种事情也不是什么大事。无奈曾德在这种时刻抛弃施琅，又无奈施琅这个时候施琅又是个愣头青，这无疑是撞在枪口上。
施琅正郁闷，气没出撒呢，好家伙，竟然见利忘义，施琅就把曾德给抓了起来。郑成功一看，你施琅现在无兵无权，怎么能随便抓人呢？到底谁是老大？
所以他给施琅下了个命令：马上放人。
本来曾德可能还没事，郑成功命令一下，施琅也是个刺儿头，马不停蹄就把曾德给杀了，给了郑成功一个下马威！曾德就这么莫名其妙的做了冤枉鬼。
冲动是魔鬼！
施琅心里爽了，郑成功心里很不爽，后果很严重。郑成功一下子把施琅全家36口人全抓了。
不知道是不是看管不严，还是施琅太牛逼，施琅竟然奇迹般从郑成功手上跑了出来。
为了自己的亲人能够平安，施琅不惜低下高傲的头，请人去向郑成功求情。
此时郑成功显然被一点小矛盾冲昏了头脑，施琅的求情在郑成功看来简直是示威：你本事大，是不是，竟然从我眼皮底下跑了。
郑成功一气之下，砍了施琅全家。
施琅闻讯父母，兄弟惨死的消息后，他肝肠寸断。“杀父之仇，不共戴天”，施琅再无牵挂，正式投降了清朝。