邱辉看到郑军人心惊慌，他认为，现在最关键的是要稳定士气，所以他再次挺身而出，请求乘退潮之机，前去冲击清军，采取积极防御的政策。
刘国轩坚信日内必有大风，仍然拒绝了邱辉的请求，仍按兵不动，仅发布命令驰告各地将士小心防御。刘国轩部属二万多人、战船二百余艘，等待着猛扑而来的施琅。
关于为什么刘国轩这么有信心认为大风回来，这个问题我也搞不太清楚。我只知道刘国轩因此一次又一次地丧失了战役的主动权。
因为就在刘国轩苦等天赐大风的时候，施琅正在紧张地做着进攻前的战斗部署。他召集各船将领于旗舰上，在桌上用大米堆集成澎湖岛各处的地势，一一讲解，并严申：不用命者必按军法处置。六月十六日，清军抵近澎湖本岛，施琅下达了进攻命令，平定台湾的第一役在澎湖正式打响了。
这次战役，是自从朱元璋陈友谅鄱阳湖水战之后，三百年来中华大地上的第二次大规模水战，也是中国古代历史上唯一一次大规模海战。由于大海天气的多变，相比鄱阳湖水战，它更是加入了无数的变量。
施琅军中，果断接下先锋印的蓝理同志确实勇不可当，他一马当先，率领七艘战船率先冲入郑军船阵，击沉和焚毁郑军战船多艘。
当时正好涨潮，清军数船争先，未能保持好战斗队形，互相冲撞，不成行列，有几艘船被潮水冲近炮城，郑军乘机集中火力轰击，并集中战船一起出来围攻。
看到蓝里要吃亏，施琅身先士卒，也亲自率领船队冲入敌阵，救出数船，力战得脱。
就在这紧要关口，刘国轩盼望的大风真的发生了。
一时间怒涛山立，蓝理所率水师前锋船簸荡漂散，战斗阵形被狂风打乱，遭到郑军船舰四面围攻，形势危急。
这个时候，施琅平常的训练和战士们的勇气发挥了巨大的作用。
看到这个情况，施琅毫不畏惧，他直接率领他的部队冲击敌船。看到施琅冲过来，郑军确实是久经海军经验丰富，郑军阵中的右武卫林升率领好几艘艘战船合攻施琅，施琅的旗舰陷入重围之中。
危急时刻，先锋蓝理望见施琅受困，也率船冲入重围，接连击毁三艘敌船。
所谓软的怕硬的,硬的怕穷的，穷的怕横的,横的怕愣的,愣的怕不要命的。
面对不要命的蓝理，郑军战船全部都不敢向前了。这样主帅、先锋得以联手攻敌。
根据当时的目击者回忆（可能有夸张的成分，因为有些
]看书;‘网同人Kanshu<>东西不太符合医学原理。。。。），当时战斗进行得非常激烈，蓝理不小心被郑军一炮击伤，顿时腹破肠流，倒于船上，郑军督征北将军曾遂大喊“蓝理死了！”
蓝理的二弟蓝瑶冲过来扶起蓝理，这时候蓝理不顾肠子都快流出来，而是奋力大吼道：“蓝理尚在，曾遂死了！”然后蓝理转身吩咐侄子蓝草茵拿刀来，接着大吼三声“杀贼！杀贼！杀贼！”
由于蓝理的太过勇猛，他的万丈豪情和英勇气概极大地鼓舞了清军将士，顿时人人勇气倍增，无不以一当十。
而郑军吓得目瞪口呆。
这时候蓝草茵提过一把刀来，递到蓝理手中，看到蓝理的肠子流出腹外，赶紧捧起来塞到蓝理的腹内，蓝理的四弟蓝瑗解下衣服为蓝理包扎伤口，五弟蓝珠用布带将他的腹部交错裹缠，随后蓝理又投入了战斗。
由于以上的记载太过于匪夷所思，但是，无论是当时还是现在，似乎都没有人怀疑过。所以我只能把这个事情记录下来。对此，我只能对蓝理将军致以崇高的敬意，因为他实在是对传统医学理论的一次突破。
蓝理以此英勇壮举荣获“破肚将军”之美名。正在形势危急的关头，清军千总游观光喊杀连天，率领部队乘风直扑而来，和施琅会合一处，奋力死战，救出蓝理的舰队，一起突出重围。
由于主帅、先锋均遭受了重创，加上天气已经晚了，因此清军不得不撤退。