清军的撤退，是刘国轩的好机会。之前提出了积极防御政策的邱辉提出应该率领部队追击。不过刘国轩担心清军有埋伏，又因为军中缺粮，怕部队溃散，不敢追击，下令鸣金收兵，施琅得以从容撤退。
第二天，施琅回师停泊于八罩岛，第一回合，刘国轩小胜。
休整了一下之后，到了六月十八日，施琅准备再次率领部队出战，他首先派总兵吴英进取虎井、桶盘二屿。
施琅吸取第一回合太过于积极的教训，他首先派人深入郑军腹地内堑、外堑，侦察地形和郑军的防御设施，并根据侦查的情况重新布置作战方案。
为了拖延时间，以便有更多的时间整军、备战、刺探情报。六月二十日，施琅假意派人去招降刘国轩。
没打仗之前都没能把刘国轩招降，现在刘国轩小胜了一场，心里美滋滋，现在来招降。送你一个字：滚！
为了继续让刘国轩麻痹大意，施琅把故意把赶缯船、双帆船分作两股，假装进攻内堑、外堑，又故意一战即退，郑军以为是施琅军队不堪一击，更加麻痹大意。
经过试探和连日来的观察，这个时候施琅已经决定与守御澎湖的郑军主帅刘国轩进行主力决战。
而在保守的刘国轩浪费了好几次机会之后，运气再也不会在他这边。不得不说，台湾第一人刘国轩在这次战争中的表现，非常让人失望。
就在刘国轩被动地等待台风的时候，施琅在二十二日对澎湖发起总攻。
据李光地的《榕村语录》所载，刘国轩听说施琅准备发动进攻之后，正准备整兵御敌，这个时候，他看见了天边的黑云，同样具有很深的气象学造诣的刘国轩一看，大喜，真是天助我也！因为他明白，黑云到了，台风还会远吗？
所以这位久经沙场的老将就没有好好准备作战，更没有派兵布阵，而是让部下摆酒做戏，还得意的说：“立见来船漂没矣！”
事实上，经验是靠不住的，无论什么情况之下，做好准备总是没有错的。所以刘国轩永远也当不了名将。
就在刘国轩准备喝酒吃肉的时候，这个时候忽然传来隆隆之声，刘国轩这才大惊失色。原来，澎湖一带海面有一个规律，乌云起必飓风起，雷声作则风云立散。
这个时候刘国轩的表现非常让人失望，刘国轩是跳起来，将筵席一脚踢翻，仰天长叹：“天意如此，非人力能胜也，罢！罢！”
不过值得肯定的是，刘国轩虽然打仗不做好准备，但是对于逃命这件事情，他的准备还是很充分的。刘国轩同志一看形势不对，立刻备好了一条小船，准备逃命。
由于刘国轩太过于自信，施琅的进攻非常顺利。施琅把中路主力船队分为八股，每股七艘战船为一个战斗群，有准备的施琅遇上没什么准备的郑军，一下子击沉了好几艘郑军的主力战船。
眼看着清军锐不可当，刘国轩赶紧命令发射火箭喷筒。
虽然被打了个措手不及，但是郑军稳定下来之后，他们还是有一定的战斗力的，虽然刘国轩非常托大，但是他平时的训练抓的是不错的。
之前曾经屡次提出正确意见的邱辉在这一战中表现得十分英勇，他率领部队和清军的部队硬碰硬，击毙了清军的将领朱天贵，把另外一个清军将领林贤打得丢盔弃甲。
邱辉率领船队和清军展开了拼死战斗，就在这个时候，施琅的旗舰遇上了一点意外，海上风大，一下子把施琅的船吹到了沙滩搁浅。
邱辉一看有如此好的机会，立刻冲出一条血路，一路直奔施琅而来。
施琅已经是束手无策，眼看就要当俘虏。